Вся территория заповедника «Ненецкий» находится за Полярным кругом, омывается  водами Баренцева и Печорского морей. Температура воздуха здесь зимой порой опускается до -46 С. В ясную, безветренную погоду можно увидеть северное сияние. На бескрайней заповедной территории оно особенно прекрасно. Яркие небесные краски отражаются в снегу, и ничто не мешает любоваться этим зрелищем: ни жизнь города, ни гул машин.
Ландшафты заповедника представлены уникальными северными арктическими тундрами  с присущими только им  фауной и флорой, с многочисленными ручьями и озёрами. Дельтовые комплексы Печоры, согласно Рамсарской конвенции, богатейшие на северо-востоке европейской части России. Здесь наблюдается уникальное сочетание современных и древних  дельтовых  комплексов.  Весной (июнь), когда природа начинает просыпаться, сотни растений расцветают и устилают тундру разноцветным ковром. После долгой и безликой зимы такие цвета поражают своей яркостью.

Государственный природный заповедник «Ненецкий» расположен на северо-востоке Европейской части России, в Ненецком автономном округе.

Материковая часть заповедника находится на северо-восточной оконечности Малоземельской тундры и занимает территорию п-ова Русский Заворот, полосу суши шириной до 20 км вдоль Захарьина Берега, устьевую часть дельты реки Печоры между протоками Тундровый Шар и Большая Печора, часть дельты реки Восточная Нерута. В территорию включены так же острова Кашин, Ловецкий, Зеленый, Зеленые Муры, Долгий (зап.), о-ва Гуляевские Кошки, и острова юго-восточной части Баренцева моря – Матвеев, Голец, Долгий, Большой и Малый Зеленцы.

Акватория, которая составляет чуть более половины площади заповедной территории, представлена Коровинской губой, Болванской губой, десятикилометровой акваторией вдоль Захарьина берега, двухкилометровой водной зоной вокруг п-ова Русский Заворот и всех морских островов. Территория заповедника поделена на четыре участка – дельта р.Печоры, Захарьин Берег, Болванский, Островной.

Заповедник частично охраняет ценнейшее водно-болотное угодье «теневого» списка Рамсарской конвенции – комплекс дельты Печоры (Коровинская губа, дельта р.Печоры, п-ов Русский Заворот, за исключением Колоколковской губы) – комплексное угодье, включенное в перечень водно-болотных угодий, предлагаемых для организации второй очереди Рамсарских угодий в России.

Заповедник «Ненецкий» располагается в Малоземельской тундре. Издревле эта территория является местом традиционных видов деятельности для малочисленных народов Севера, основную массу которых составляют ненцы. Быт и культура ненецких народов наложили свой отчеток в развитии историко-культурного наследия заповедника «Ненецкий». Также большой вклад в освоении территории побережья Баренцева моря внесли многие ученые и путешественники.

Нынешняя территория заповедника находится на знаменитом пути поморов в загадочную Мангазею, здесь останавливались и промысловики-зверобои. Особое значение в историко-культурном наследии придают острова заповедника – Долгий, Матвеев, Голец, Большой и Малый Зеленцы. Их удаленное расположение в Баренцевом море позволяет сочетать красоту северных тундр и уникальность культурно-исторических памятников, сохранившихся до наших времен.

Арктические острова лежали на пути следования поморов на Вайгач и Новую Землю, который шел вдоль ледовой кромки и использовался промышленниками с XIV в. Для европейцев о. Долгий был открыт первой голландской экспедицией 1594 г.

Неоднократно упоминаются заповедные территории в записках штурмана 12 класса И.Н.Иванова, который в 1821-1822 и 1824 годах, совместно с помощниками Н. М. Рогозиным и П.К. Пахтусовым, занимался подробным описанием дельты реки Печоры, Захарьиного берега, а также прошёл и сделал описание морского побережья до острова Вайгач.

О.Долгий является замечательным местом укрытия от штормов. Уже в 1824 году И.Н. Иванов, следовавший на о.Вайгач, зашел на Долгий с целью открытия этого острова, обнаружил Сибирское кладбище, которое находится на северной оконечности острова и называется мыс Север-Саля. И теперь на этом месте можно увидеть останки 14 крестов, обложенные каменной кладкой.

Еще с давних времен эти острова посещали коренные народы Севера – ненцы и считали их Святыми. На о.Долгий до сих пор сохранились два ненецких святилища, представляющие собой выход горных пород у подножья, которых явно видны атрибуты жертвоприношений (идолы, черепа белого медведя, рога северных олений, кости жертвенных животных).

О.Долгий на протяжении нескольких столетий был традиционным местом рыбного промысла и промысла морского зверя. В довоенные и советские времена о.Долгий считался прекрасным местом для добычи морского зверя.

Здесь сохранились 3 Поморских становища, у двух из которых размещены салотопня, представляющуюся собой бочку, и судно – полутранцевая лодка, около одного их них находится землянка. По сей день на островах сохранились приметные обетные поморские кресты.