Государственный природный заповедник «Кузнецкий Алатау» создан в Кемеровской области и расположен в следующих районах:
- в Тисульском районе;
- в Новокузнецком районе;
- в Междуреченском районе.
Охранная зона заповедника расположена:
- в Тисульском районе;
- в Новокузнецком районе;
- в Междуреченском районе;
- в Крапивинском районе;
- в Республике Хакасия.
Заповедник занимает центральную высокогорную часть хребта Кузнецкий Алатау, являющегося частью Кузнецкого нагорья в составе Алтае-Саянской горной области. В переводе с тюркского «Ала-Тау» – «Пестрые горы». Самая высокая точка хребта в заповеднике — гора Большой Каным (1872 м над уровнем моря) («Каан» (тюркс.) – «Царь»). Также выделяются отдельные гольцы и вершины Крестовая (1549 м), Большой Таскыл (1447 м), горы Чемодан (1357 м), Медведь, Открытая, Большая Церковная (1449 м), Малая Церковная (1087 м), Заячья (1301 м), Плоская (1308 м над уровнем моря) и др.
На территории заповедника находятся следующие природные уникальные объекты:
Ледники. Уникальным в Кузнецком Алатау для внутриматериковых областей северного полушария является существование малых форм ледников на необычно низких абсолютных высотах – 1200-1500 м н.у.м. Ни в одном из внутриконтинентальных районов северного полушария в аналогичных широтах ледники не обнаружены. На территории заповедника 32 ледника общей площадью 6,79 кв.км. Из них самый крупный в Кузбассе – Ледник участников экспедиции площадью 0,3 кв. км. Расположен в окрестностях горы Средний Каным.
Озеро Среднетерсинское. Самое глубокое озеро Кузбасса. Его глубина составляет 60 метров.
Озеро Рыбное. Самое большое горно-ледниковое озеро области, его длина – 1000 м, ширина – 500 метров. Из этого озера берет свое начало река Верхняя Терсь, одна из красивейших рек заповедника. В озере постоянно обитает озерная форма хариуса.
Гора Большой Каным, высота 1872 м над уровнем моря. Остаток наиболее древнего рельефа хребта Кузнецкий Алатау. Гора Чемодан, высота – 1357 м н.у.м. У подножия находится верховое моховое болото, на склонах встречаются заросли радиолы розовой и левзеи софлоровидной, здесь находятся летние станции северного оленя, косули, марала. Гнездятся редкие виды птиц — сапсан, балобан.
Крестовские болота. Расположены у подножия горы Пестрая (1347 м н.у.м.). Верховые болота с типичной растительностью. Во время весенне-осенних миграций здесь концентрируются копытные.
Становый хребет, наивысшая точка — 1445 м н.у.м. Здесь ярко выражена вертикальная зональность растительных сообществ. Украшением горных ландшафтов являются многочисленные каровые озера. Постоянные места обитания марала и косули.
Бассейн реки Растай. Отмечен черный аист (возможно гнездование), в верховьях есть бобровые поселения. В летний период наблюдается большое скопление копытных.
Гора Открытая, высота — 1402 м н.у.м. Многочисленны каровые озера. Летние стации марала. Из редких видов отмечены сапсан, северный олень, по долинам ручьев произрастает левзея сафлоровидная. Впервые для Кузнецкого Алатау здесь найден очиток гибридный. Данное природное сообщество — одно из уникальных и неповторимых для природы Кузбасса.
Гора Зеленая, высота — 910 м н.у.м. Многочисленны каровые озера. Отмечены бабочки, занесенные в Красную Книгу России – парусники аполлон и махаон, а также очень быстро сокращающие свою численность в Кузбассе — дневной павлиний глаз, лимонница. Произрастает множество редких и эндемичных видов растений
Ручей Безымянный (правый приток реки Кия). В долине ручья произрастают редкие и исчезающие виды растений: лилия кудреватая, пион уклоняющийся, левзея сафлоровидная, изредка встречается родиола розовая, кандык сибирский и другие первоцветы.
Хребет Бархатный. Покрыт кедровыми борами вперемешку с пихтачем. Здесь в изобилии встречаются представители из семейства Орхидных, отмечены большие поляны с башмачками настоящим и крупноцветниковым, заросли левзеи сафлоровидной и горца змеиного. Отмечено гнездование сокола сапсана.
Гора Медвежья. Летние станции северного оленя, марала. Произрастает родиола розовая, другие редкие растения.
Хребет Тыдын. Представлены болотистые массивы как великолепные источники пресной воды. Район сезонных миграций копытных.
В рамках познавательного туризма заповедник «Кузнецкий Алатау» предлагает экскурсионно-туристические маршруты: «Сплав по реке Кия», «Сплав по реке Уса», «Сплав по реке Тайдон», «Таскыл-Тур», а также посещение Экологического центра. Экологический центр заповедника расположен в пригороде города Междуреченска. Здесь можно посетить музей природы, вольерный комплекс с дикими копытными животными, прокатиться верхом и в санях.