Во второй половине XIX века в российском обществе возник вопрос о сохранении церковных архивов и древней утвари, являющихся произведениями древнерусского искусства. Ученые, художники, представители церкви высказывали свое мнение по этому вопросу и в результате дискуссии на рубеже XIX – ХХ веков во многих городах России были созданы музеи древнерусской старины – древлехранилища.

Древлехранилище – первый музей Великого Устюга – было организовано в 1909 году при великоустюжском православном Стефано – Прокопьевском братстве и торжественно открыто 3 октября 1910 года в Михайло – Архангельском монастыре. Инициатором его создания был священник А.В. Малиновский. Целью его создания было «… собирание и хранение древних церковно–исторических памятников Великоустюжского викариатства, с целью лучшего сбережения их и доставления любителям таковых памятников удобства знакомиться с ними, а равно и для пользы церковно-исторической науки».

Всю работу по созданию музея древнерусской старины возглавил комитет, председателем которого избрали смотрителя Великоустюжского духовного училища священника К.А. Богословского. Товарищем (заместителем) председателя стал преподаватель духовного училища В.П. Шляпин, обязанности заведующего были возложены на помощника смотрителя духовного училища В.В. Комарова.

В древлехранилище поступали древние рукописи, старопечатные церковные книги, старинные книги на иностранных языках, церковные и бытовые памятники, имевшие историческое значение. Если памятник не мог быть помещен в древлехранилище, на хранение поступали рисунки, фотографии и модели, его изображающие.

Члены комитета исследовали церкви Устюга, составляли описи старинных предметов, хранившиеся в них. Ими составлялись запросы на передачу этих предметов в древлехранилище. Первыми экспонатами музея стали иконы, скульптура, портреты архиереев, документы Михайло - Архангельского монастыря. Из Успенского собора были переданы древние рукописи.

За время существования древлехранилища в него были переданы замечательные предметы древности из Михайло-Архангельского, Иоанно-Предтеченского, Троице-Гледенского монастырей, Успенского собора, Кирилло-Мефодиевской, Спасовсеградской, Мироносицкой церквей. Много ценных экспонатов поступило от членов комитета, от священников Устюжского и соседних уездов.

К 1918 году в коллекции музея было более шестисот экспонатов: рукописей, старинных рукописных и печатных книг, изделий из серебра, икон, крестов, деревянной скульптуры.. Члены комитета не только собирали и хранили древности. Они также проводили работу по описанию предметов, подготавливали статьи для журналов, выходивших в Москве, Олонце, Казани и т.д. Кроме того, комитет активно участвовал в жизни города, в частности организовав празднование 700-летия основания Михайло – Архангельского монастыря и выпустив брошюру, посвященную этому событию.

8 ноября 1918 г. выставкой картин художника А.А. Борисова в Великом Устюге был открыт музей северодвинской культуры. Выставка была организована по инициативе и при активнейшем участии художника Н.Г. Бекряшева. Около двухсот картин смогли увидеть устюжане. Мало кто знал, что эти картины были тогда спасены от гибели.

Основой фондов нового музея стали переданные ему в декабре 1918 года ценнейшие коллекции древлехранилища. Многие из тех, кто занимался его созданием, приняли активное участие и в создании музея северодвинской культуры.

Лучшие представители устюжской интеллигенции: Н.Г. Бекряшев, Е.А. Бурцев, В.П. Шляпин, В.В. Комаров, Э.Ф. Глезер, К.В. Шляпина, К.А. Цивилев, Г.И. Матвеев - объединились вокруг музея, возложив на себя всю заботу о культурном будущем города. Первым заведующим музея стал Е.А. Бурцев, После его смерти в 1924 году музей возглавил Н.Г. Бекряшев, и был его директором более 20 лет. Все они прекрасно понимали уникальность Великого Устюга как национальной сокровищницы северного древнерусского искусства. Ведущими отделами музея стали художественный, рукописно-библиотечный, церковно-археологический, этнографический, естественно-исторический. В необыкновенно трудных условиях строились первые выставки и экспозиции, велась научно-исследовательская и просветительская работа, формировались коллекции.

За короткий срок был создан ценнейший фонд, определивший профиль музея. Кроме коллекций, переданных из церковного древлехранилища, много экспонатов было получено от комиссии по изъятию ценностей и предметов религиозного культа из церквей. От чрезвычайной комиссии и реквизиционного бюро поступили серебряные вещи и женские украшения, от московского Госфонда - картины и фарфор. Были переданы музею и большие личные собрания: принадлежавшие врачу И.А. Бурцеву и купцу А.А. Азову коллекции нумизматики, палеонтологическая коллекция орудий и черепков каменного века, собранная врачом Линовском. В 1923 году в музей поступили 963 книги их фабричной Грибановской библиотеки, а фактически - библиотеки первенствующего директора российско-американской компании М.М. Булдакова. С 1924 года развитие фондов происходило, в основном за счет передачи музею культового имущества из закрывавшихся монастырей и церквей Великого Устюга. Н.Г. Бекряшев настойчиво добивался своего включения в состав ликвидационных комиссий и отбирал для музейных коллекций наиболее ценные памятники истории и культуры, спасая тем самым их от гибели. В 1924 году в ведение музея северодвинской культуры были переданы собор и Владимирская церковь Михайло – Архангельского монастыря а также более ста предметов из его имущества. В 1926 году по настоянию директора и членов музейной коллегии Троицкий собор Троице – Гледенского монастыря с его уникальным иконостасом, иконами, скульптурой и колоколами также был передан музею. В 1927, 1929 годах из Успенского собора поступили иконы, кресты, плащаницы и соборная библиотека, насчитывавшая 3345 книг, среди которых была и знаменитая Библия Пискатора XVII века.

Самые яркие и драматичные страницы в истории музея - годы его бескомпромиссной борьбы за сохранение архитектурного облика Великого Устюга. С первых дней своего существования всю заботу об охране памятников старины музей взял на себя. Краеведы выступали против приспособления самых ценных памятников под учреждения и организации. С середины 1920-х годов губисполком все чаще ставил вопросы о снятии многих памятников с охраны, сносе ряда церквей в городе и районе. Музей делал все, чтобы этого не допустить. Благодаря Н.Г. Бекряшеву и его сподвижникам к концу 1933 года в Великом Устюге были приняты под государственную охрану 12 выдающихся архитектурных памятников. Все они сохранились до наших дней. Однако далеко не все удавалось спасти. В отчете о работе музея за 1934 год записано: "О непорядках по охране памятников музей сообщал в комитет … при Президиуме ВЦИК, в Севкрайоно. Музей на месте принимал все меры  к тому, чтобы была налажена охрана памятников, но ко всем его просьбам Великоустюгский горсовет был глух. В конце концов все дело по плохой охране памятников музей передал районному прокурору".

За такие смелые действия местные власти музей не жаловали. Главный ответ держал директор, который оставался верен себе до конца. Его арестовали 20 февраля 1938 года. Бекряшев был объявлен врагом народа и приговорен к 3 годам заключения. 6  апреля 1939 года он умер в Онежском ИТЛ (ст. Плесецкая Архангельской области). За отсутствием состава преступления первый директор музея в 1978 году был реабилитирован.

Шли годы, менялись названия Великоустюгского музея, но неизменными оставались его основные задачи, и в нем всегда работали люди, преданные своему делу.